Projektassistent forskning inom folkhälsovetenskap - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Beskrivning

Folkhälsovetenskap tillhör institutionen för hälsovetenskaper vid fakulteten för hälsa, natur och teknikvetenskap vid Karlstads universitet. Inom folkhälsovetenskap bedrivs forskning och undervisning med fokus på barns liv och hälsa. Detta bedrivs inom tre medicinska spår; ett miljömedicinspår med fokus på miljöfaktorer tidigt i livet och deras betydelse för hälsa och utveckling hos barn, ett samhällsmedicinspår som fokuserar på utsatta barn, våld i nära relationer och hälsofrämjande miljöer samt ett spår inom medicinsk vetenskap som omfattar bland annat anatomi, fysiologi och patologi.

Inom ämnet finns flera erkända och välmeriterade forskare med hög vetenskaplig produktion, tillsammans med för närvarande sju doktorander. Av betydelse för den aktuella tjänsten är SELMA-studien, en graviditetskohort som följer mer än 2 000 mor-barn-par från tidig graviditet över förlossning och upp i skolålder med fokus på miljöfaktorer (hormonstörande kemikalier), genetik/epigenetik och barns hälsa och utveckling (www.selmastudien.se). Vår forskning inom SELMA sker i nära samarbete med världsledande institutioner i Sverige och Europa/USA, där vi kopplar samman våra epidemiologiska studier med experimentella undersökningar i cell- och djurmodeller för ökad molekylär förståelse och bättre riskbedömningssystem för farliga kemikalier. Forskningen finansieras av forskningsråd nationellt (Vetenskapsrådet, Formas) och inom EU och US-NIH.

Arbetsuppgifter

Anställningen är central i två projekt som nyligen finansierats inom ramen för SELMA-studien med start 2023: För det första ett EU-projekt, RE-MEND, där vi tillsammans med 15 internationella partners ska undersöka hur hormonstörande kemikalier i interaktion med genetik och epigenetik påverkar psykisk ohälsa hos barn i endokrinkänsliga livsstadier. Det andra projektet, Epi-Clock, ska undersöka om den prenatala miljön kan påverka epigenetiska klockor hos barn och vidare undersöka om sådana förändringar i den epigenetiska klockan är associerade till barns neuroutveckling.

Karlstads universitets roll i dessa och andra projekt är att analysera och tolka data som genereras i SELMA-kohorten med hänsyn till de biologiska frågorna som ställs. Du kommer att ha en central roll i etableringen av de analytiska processer som använder relevant SELMA-data, samarbeta nära med kliniker och andra experter som krävs för att tolka resultaten, samt etablera nya forskningsprojekt som använder SELMA och andra kohorter.

För att bidra till en god arbetsmiljö och utveckling av verksamheten är du närvarande och deltar i det dagliga arbetet och gemenskapen.

Anställningen är en möjlighet för dig att arbeta 100 % med forskning i en internationell miljö i ett framgångsrikt projekt.

Kvalifikationer

Du ska ha en doktorsexamen (eller en utländsk examen motsvarande svensk doktorsexamen) inom bioinformatik och beräkningsbiologi eller ett närliggande område.

Du måste även ha praktisk erfarenhet av beräkningsbiologi med fokus på stora kohortanalyser och en djup förståelse för minst en och helst flera OMICs teknologier och deras analyser. Eftersom denna anställning innebär frekventa interaktioner med kliniker värdesätter vi kandidater med grundläggande förståelse för mänsklig fysiologi och molekylärbiologi, som effektivt kan kommunicera sitt arbete på ett pedagogiskt sätt.

Sökande måste även ha erfarenhet av att analysera stora kliniska datauppsättningar, vilket innebär kunskaper i minst ett programmeringsspråk (helst R eller Python), gedigna färdigheter i datarensning, visualisering (t.ex. pandas, matplotlib, ggplot, plotly) och skript i en Linux miljö (Bash).

Goda skriftliga och muntliga kunskaper i engelska krävs för denna anställningen.

Bedömningsgrunder

Särskild vikt kommer att ges till:

Särskild vikt kommer att ges till starka praktiska färdigheter i statistisk analys (dimensionalitetsreduktion, klustring, hypotestestning, batcheffektkorrigering, FDR-kontroll), samt tidigare praktisk erfarenhet av prediktiv modellering och maskininlärning.

För att säkerställa kodbasens reproducerbarhet och återanvändbarhet kommer vi att lägga särskild vikt vid kandidater med tidigare erfarenhet av att använda containerteknologier (t.ex. Docker, Singularity), arbetsflödeshanteringssystem (t.ex. Nextflow, Snakemake), mjukvarupaketering (Conda/ PyPi eller Bioconductor), samt versionskontroll (Git).

Din förmåga att noggrant dokumentera ditt arbete är avgörande för att säkerställa kunskapsöverföring till andra kollegor efter avslutat projekt.

Särskild vikt läggs vid högkvalitativa akademiska publikationer i internationella tidskrifter inom forskningsområdet och bidrag till open source-projekt (t.ex. en GitHub-portfölj).

Särskild vikt läggs även vid färdigheter och erfarenhet av att analys av storskalig kliniska data, med fokus på prediktiv modellering, programmering, utveckling av reproducerbara bioinformatikpipelines och tillhörande kunskap om molekylärbiologiska verktyg och sekvenseringstekniker.

Stor vikt kommer att ges till:

Stor vikt kommer att läggas på kommunikationsförmåga, förmågan att samarbeta med kollegor, gott omdöme, ansvar, engagemang och en positiv inställning gentemot kollegor och studenter.

Villkor

Anställningen är en tidsbegränsad anställning på heltid som projektassistent under 6 månader. Anställningen kan förlängas. Anställningen påbörjas den 1 januari 2024.

Ansökan

Ansökan görs i universitetets webbaserade rekryteringsverktyg Varbi. Information om hur din ansökan kan se ut hittar du i "Vad ska ingå i min ansökan?”

Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen, att eventuella handlingar på språk annat än svenska och engelska är översatta och att dokumentera din kompetens på ett sätt som medger en saklig, kvalitativ bedömning. Komplett ansökan ska vara inne vid ansökningstidens slut. En ofullständig ansökan kan medföra att din kompetens inte kan prövas i alla avseenden.

Ansökan ska innehålla:

• cv
• personligt brev, med beskrivning av dina kvalifikationer och forskningsintressen i förhållande till anställningens innehåll publikationslista (vid sampublicering ska den egna rollen framgå)
• kopior på relevanta betyg
• examensbevis
• intyg som stärker tidigare anställningar och rekommendationsbrev
• kopia på doktorsavhandling och andra relevanta publikationer
• intyg över språkkunskaper två referenser, varav minst en är från tidigare eller nuvarande chef

Alla handlingar och publikationer som du önskar ska vara en del av din ansökan ska bifogas den digitala ansökan (inte länkar). Namnge varje uppladdat dokument så det tydligt framgår vad det innehåller.

De underlag som inte kan skickas elektroniskt exempelvis böcker och publikationer skickas till: Karlstads universitet, Hanna Ljungdahl, 651 88 Karlstad

Rekryteringsprocess: REK2023/229

Sista ansökningsdag: 2023-11-09

Välkommen med din ansökan!

Karlstads universitet har gjort medieval för denna rekrytering och vi undanber oss därför kontakter med annonsförsäljare och säljare av rekryteringstjänster.