Postdoktor i folkhälsovetenskap - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Beskrivning

Eftersom anställning som postdoktor utgör en meriteringsanställning för juniora forskare, riktar vi oss till dig som har en doktorsexamen som inte är äldre än tre år räknat från sista ansökningsdag.

Folkhälsovetenskap tillhör institutionen för hälsovetenskaper vid fakulteten för hälsa, natur och teknikvetenskap vid Karlstads universitet. Inom ämnet bedrivs forskning och utbildning med fokus på barns liv och hälsa inom tre medicinska spår; ett miljömedicinspår med fokus på miljöfaktorer tidigt i livet och deras betydelse för hälsa och utveckling hos barn, ett samhällsmedicinspår som fokuserar på utsatta barn, våld i nära relationer och hälsofrämjande miljöer, samt ett spår inom medicinsk vetenskap som omfattar bland annat anatomi, fysiologi och patologi.

I ämnet finns flera erkända och välmeriterade forskare med hög vetenskaplig produktion, tillsammans med för närvarande sju doktorander. Av betydelse för den aktuella anställningen är SELMA-studien, en graviditetskohort som följer mer än 2 000 mor-barn-par från tidig graviditet, över förlossning och upp i skolålder med fokus på miljöfaktorer, genetik/epigenetik och barns hälsa och utveckling (www.selmastudien.se). Vår forskning inom SELMA sker i nära samarbete med världsledande institutioner i Sverige, Europa och USA, där vi kopplar samman våra epidemiologiska studier med experimentella undersökningar i cell- och djurmodeller för ökad molekylär förståelse och bättre riskbedömningssystem för farliga kemikalier. Forskningen finansieras av forskningsråd nationellt (Vetenskapsrådet, Formas) och inom EU och National Institute of Health (NIH) i USA.

Arbetsuppgifter

Anställningen är central i två projekt som nyligen finansierats inom ramen för SELMA-studien. Det första projektet är ett stort EU-projekt, RE-MEND, där vi tillsammans med 15 internationella partners ska undersöka skyddande faktorer som påverkar den psykiska hälsan i endokrinkänsliga livsstadier. Det andra projektet, Epi-Clock, undersöker vi om den prenatala miljön kan påverka epigenetiska klockor hos barn och vidare undersöka om sådana förändringar i den epigenetiska klockan är associerade till barns neuroutveckling.

Karlstads universitets roll i projekten är att analysera och tolka data inhämtad från SELMA-kohorten utifrån frågor om biologi. I anställningen som postdoktor kommer du att ha en nyckelroll i upprättandet av analytiska pipelines baserade på relevant SELMA-data, bedriva nära samarbete med läkare och andra experter som krävs för att tolka resultaten samt etablera nya forskningsprojekt baserade på SELMA-projektet och andra kohorter.

För att bidra till en god arbetsmiljö och utveckling av verksamheten förväntar vi oss att du är närvarande och deltar i det dagliga arbetet och gemenskapen.

Anställningen är en möjlighet för dig att arbeta 100 % med forskning i en internationell miljö i framgångsrika projekt. Undervisning inom relevanta områden kan också bli aktuellt.

Behörighetskrav

Behörig att anställas är du som har en doktorsexamen inom bioinformatik eller beräkningsbiologi. Du kan även ha en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen.

Äldre examen kan beaktas när särskilda skäl föreligger t.ex ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret eller andra liknande omständigheter eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.

Sökande måste ha praktisk erfarenhet av beräkningsbiologi med fokus på statistisk analys av stora kliniska datamängder samt ha gedigen erfarenhet av minst en omics-teknologi, men gärna flera, och dess analys. Särskild vikt kommer att läggas vid sökande med erfarenhet av DNA-metylering med både array- och sekvenseringstekniker samt DNA-sekvensanalys. Eftersom anställningen innebär nära samarbete med läkare sätter vi högt värde på sökande med en grundläggande förståelse för mänsklig fysiologi och molekylärbiologi, och som kan kommunicera sitt arbete på ett pedagogiskt sätt.

Sökande måste ha erfarenhet av att analysera stora kliniska datamängder, vilket innebär färdighet i minst ett programmeringsspråk (företrädelsevis R eller Python), goda kunskaper i datarensning, visualisering (t.ex. pandas, matplotlib, ggplot, plotly) och skriptspråk i Linux-miljö (Bash). Rollen kräver också mycket goda praktiska färdigheter i statistisk analys (dimensionell reduktion, klustring, hypotesprövning, korrigering av batch-effekter, FDR-kontroll) samt tidigare praktisk erfarenhet av prediktiv modellering och maskininlärning.

För att säkerställa reproducerbarhet och återanvändbarhet av kodbasen kommer vi att lägga särskild vikt vid tidigare erfarenhet av kontainerisering (t.ex. Docker, Singularity), arbetsflödessystem (t.ex. Nextflow, Snakemake), mjukvarupaketering (Conda/PyPi eller Bioconductor) samt versionskontroll (Git) och erfarenhet av att skriva tester. För att säkerställa enkel kunskapsöverföring till andra kollegor när anställningen avslutas krävs noggrann dokumentering av arbetet. Utöver att tillämpa god programmeringspraxis förväntas du också aktivt bidra till hög kodkvalitet inom arbetsgruppen.

För anställningen krävs goda kunskaper i engelska, både i skrift och i tal.

Bedömningskriterier

Meriter ska verifieras genom högkvalitativa akademiska publikationer i internationella tidskrifter inom forskningsområdet, dokumenterad erfarenhet av undervisning och pedagogisk utveckling, eller bidrag till open source-projekt (t.ex. en GitHub-portfölj).

Särskild vikt kommer att läggas vid färdigheter och erfarenhet inom analys av stora kliniska datamängder med fokus på prediktiv modellering, programmering, utveckling av reproducerbara bioinformatikflöden samt kunskap om molekylärbiologiska verktyg och sekvenseringstekniker. Särskild vikt läggs även vid erfarenhet från internationella anställningar, uppdrag eller nationella och internationella nätverk. 

Av stor vikt är god kommunikationsförmåga, samarbetsförmåga, gott omdöme, ansvarstagande, engagemang för verksamheten och ett positivt förhållningssätt till kollegor och studenter.

Meriterande

• Pedagogiska utnämningar.
• Genomfört behörighetsgivande högskolepedagogisk utbildning.

Villkor

Anställningen är en tidsbegränsad anställning på heltid som postdoktor under 2 år med start i november 2024.

Ansökan

Ansökan görs i universitetets webbaserade rekryteringsverktyg Varbi. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen, att eventuella handlingar på språk annat än svenska, norska, danska eller engelska är översatta och att din kompetens är dokumenterad på ett sätt som medger en saklig, kvalitativ bedömning. Komplett ansökan ska vara inne vid ansökningstidens slut. En ofullständig ansökan kan medföra att din kompetens inte kan prövas i alla avseenden.

Ansökan ska innehålla:

• CV
• personligt brev, med beskrivning av dina kvalifikationer och forskningsintressen i förhållande till anställningens innehåll
• publikationsförteckning (vid sampublicering ska den egna rollen framgå)
• kopia på utfärdad doktorsexamen eller information om när den förväntas vara
• kopia på doktorsavhandling och andra relevanta publikationer
• intyg över språkkunskaper
• två referenser, varav minst en är från tidigare eller nuvarande chef

Alla handlingar och publikationer som du önskar ska vara en del av din ansökan ska bifogas den digitala ansökan (inte länkar). Namnge varje uppladdat dokument så det tydligt framgår vad det innehåller.

De underlag som inte kan skickas elektroniskt exempelvis böcker och publikationer skickas till:

Karlstads universitet
HR-administratör
651 88 Karlstad

Ange ref.nr: REK2024/157

Sista ansökningsdag: 2024-10-08

Välkommen med din ansökan!

Karlstads universitet har gjort medieval för denna rekrytering och vi undanber oss därför kontakter med annonsförsäljare och säljare av rekryteringstjänster.